Η φλογέρα έχει μια πλούσια και μακρά ιστορία εφτά αιώνων. Οι περισσότερες σύγχρονες φλογέρες βασίζονται στα όργανα της εποχής Μπαρόκ, οι λεγόμενες φλογέρες Μπαρόκ τύπου. Κατά τον πρώιμο 20ο αιώνα ο Peter Harlan δημιούργησε μια φλογέρα με απλούστερο δακτυλισμό γνωστή ως φλογέρα "γερμανικού τύπου".
Οι πρώτες φλογέρες θεωρείται ότι εξελίχθηκαν τον 14ο αιώνα, αν και συζητείται και μια πρωιμότερη καταγωγή της. Οι πρώτες φλογέρες σχεδιάστηκαν για να παίζονται είτε με το δεξί είτε με το αριστερό χέρι. Οι εκτελεστές γέμιζαν τις οπές που δεν χρησιμοποιούσαν με κερί. Η φλογέρα ήταν πολύ διαδεδομένη τον 16ο και 17ο αιώνα, κατά τη διάρκεια της Αναγέννησης όπου χρησιμοποιείτο για χορευτική μουσική και ως συνοδεία στο τραγούδι. Πολλά όργανα διασώθηκαν από την εποχή αυτή όπως ένα σετ με φλογέρες από τη Νυρεμβέργη που χρονολογείται από τον 16ο αιώνα. Αντίθετα με τις Μπαρόκ φλογέρες που χρησιμοποιούνται σήμερα, οι Αναγεννησιακές φλογέρες έχουν ευρύτερο, λίγο-πολύ κυλινδρικό σωλήνα.
Διάφορες αλλαγές στην φλογέρα συντελέστηκαν τον 17ο αιώνα που επέτρεψαν στους Μπαρόκ εκτελεστές να παίζουν δύο πλήρεις χρωματικές οκτάβες και να έχουν γλυκύτερο ήχο. Τον 17ο αιώνα η μπαρόκ φλογέρα απαντάται με το όνομα φλάουτο με ράμφος.
Το όργανο παρήκμασε μετά τον 18ο αιώνα και υποσκελίστηκε από τον πλαγίαυλο και το κλαρινέτο. Η φλογέρα αναβίωσε στο γύρισμα του 20ου αιώνα αν και περιοριζόταν για εκτελέσεις αναγεννησιακού ρεπερτορίου. Η τελική αναβίωση της φλογέρας αποδίδεται στους συνθέτες σύγχρονης μουσικής που έζησαν στην Αγγλία.